Thay vì chỉ có duy nhất một màu như thế hệ trước, S Pen năm nay có nhiều màu sắc tương ứng với các màu mới của Galaxy Note 9. Samsung cũng đưa vào tính năng mới giúp S Pen viết chữ có màu giống màu bút khi ghi chú nhanh từ màn hình khóa. Bút màu vàng viết ra chữ màu vàng, tương tự như màu tím, màu đồng. Duy nhất phiên bản S Pen màu đen ghi chữ màu trắng. Nếu không muốn thay đổi này, người dùng có thể cài đặt lại ở phần Setting > Screen off memo > Use S Pen signature color > Off.
Là điểm nâng cấp sáng giá trên thế hệ Galaxy Note năm nay, S Pen vẫn sở hữu những tính năng hữu ích như ghi chú nhanh từ màn hình khóa, tạo ảnh GIF, chụp màn hình dài hay hỗ trợ dịch văn bản. Ngoài ra, thế hệ S Pen mới còn hỗ trợ kết nối Bluetooth với pin tích hợp. Công nghệ Bluetooth tiết kiệm năng lượng BLE (Bluetooth Low-Energy) lần đầu được đưa vào S Pen, cho phép bút thực hiện được nhiều tính năng hơn. Chỉ cần một thao tác nhấn giữ nút bấm trên bút, người dùng có thể dễ dàng chụp ảnh selfie, chụp ảnh nhóm, trình chiếu bài thuyết trình, ngừng hay phát video, trình chiếu slideshow...
Các tính năng thú vị này nằm trong phần S Pen Remote. Theo đó, người dùng có thể giữ nút trên S Pen để kích hoạt ứng dụng trên máy từ xa. Thao tác ấn giữ để kích hoạt nhanh ứng dụng hay sử dụng như camera, Gallery, Voice recorder...
Khi truy cập được các app này, người dùng tiếp tục có hai thao tác là nhấn một lần, nhấn đúp để tạo ra hai lệnh tương ứng. Ví dụ vào Camera, nhấn nút trên S Pen một lần là chụp ảnh còn nhấn hai lần là chuyển sang camera selfie. Khi duyệt ảnh, một lần nhấn nút tương ứng với lệnh chuyển ảnh, người dùng muốn quay lại xem ảnh trước chỉ cần nhấn đúp.
S Pen cũng giúp người dùng mở khóa nhanh điện thoại mà không cần chạm vào máy, khi màn hình tự động tắt sau thời gian không tương tác.
Trong phần cài đặt S Pen Remote, bạn có thể theo dõi được phần trăm pin của bút. Samsung cho biết người dùng chỉ cần cắm 40 giây để có 30 phút sử dụng. Thực tế, bạn không phải quá quan tâm tới pin trên S Pen ở Galaxy Note 9 bởi bút gần như luôn đầy năng lượng bởi khả năng sạc đầy rất nhanh.
Một tính năng thú vị khác trên S Pen là Live Message có thể vẽ trên các hình ảnh do AR Emoji tạo ra. Điều này giúp bạn thoải mái sáng tạo các nội dung cá nhân để tương tác trên mạng xã hội. Tính năng này chưa có trên Galaxy Note 8.