Sáng 18/6, ban tổ chức tiến hành bốc thăm chia bảng và xếp lịch thi đấu vòng chung kết U19 Quốc gia 2020. 8 đội bóng xuất sắc vượt qua vòng loại gồm HAGL 1, HAGL 2, Bình Dương, SLNA, An Giang, CAND, TP HCM và chủ nhà PVF được chia làm hai bảng.
Theo kết quả bốc thăm, bảng A được cho là "bảng tử thần" khi có sự góp mặt của HAGL 1, PVF, TP HCM và An Giang. Bảng B gồm HAGL 2, CAND, SLNA và Bình Dương.
Các đội thi đấu vòng tròn một lượt, tính điểm xếp hạng ở mỗi bảng. Hai đội đứng đầu mỗi bảng giành quyền vào vòng đấu loại trực tiếp. Đội vô địch nhận Cup, cờ và tiền thưởng 80 triệu đồng. Phần thưởng giành cho đội á quân và hai đội đồng hạng ba lần lượt là 50 triệu và 30 triệu đồng.
Vòng chung kết Giải U19 quốc gia 2020 diễn ra từ ngày 19 đến 28/6 tại Trung tâm Đào tạo bóng đá trẻ PVF. Trong ngày khai mạc, Bình Dương đối đầu với SLNA vào lúc 15h30 còn HAGL chạm trán CAND vào lúc 18h.