Ngày 16/7, ban kỷ luật VFF ra quyết định xử phạt với những vi phạm tại vòng 15 V-League 2019. Theo đó, HLV Chu Đình Nghiêm bị cấm chỉ đạo hai trận đồng thời phải nộp phạt 10 triệu đồng vì hành vi phản ứng trọng tài trong trận đấu giữa Hà Nội và Khánh Hòa trên sân Hàng Đẫy tối 13/7.
Cụ thể, sau khi trận đấu kết thúc, ông Chu Đình Nghiêm lao vào giữa sân lớn tiếng với tổ trọng tài. Nhà cầm quân người Thanh Hoá cho rằng trọng tài sai trong tình huống thổi việt vị với Thành Lương ở cuối trận. Khi đó, Hà Nội đang dẫn 2-1 và pha phản công nhanh này hoàn toàn có thể giúp họ gia tăng cách biệt. Đội chủ sân Hàng Đẫy sau đó đánh rơi chiến thắng khi bị Khánh Hòa quân bình tỷ số 2-2 đúng vào phút bù giờ cuối cùng.
Sau cuộc họp nội bộ chiều 15/7, HLV Chu Đình Nghiêm tự ý thức hành động của mình là sai và lên tiếng xin lỗi: "Tôi nhận thấy những hành động thiếu kiềm chế của bản thân vào tối 13/7 ảnh hưởng đến hình ảnh của giải đấu và thương hiệu bóng đá đẹp mà CLB bóng đá Hà Nội đang gây dựng. Đây là lỗi của cá nhân, tôi xin hoàn toàn chịu trách nhiệm và chấp hành các quyết định xử phạt của ban tổ chức cũng như CLB".
Cũng liên quan tới trận đấu Hà Nội - Khánh Hòa, ban tổ chức sân Hàng Đẫy bị phạt 25 triệu đồng vì để xảy ra các tình trạng khán giả xuống sân, ném chai nước, lăng mạ trọng tài.
Với án phạt trên, HLV Chu Đình Nghiêm không thể trực tiếp chỉ đạo CLB Hà Nội ở trong hai trận đấu với HAGL và Sài Gòn ở vòng 16 và 17 V-League 2019. 19h ngày 17/7, Hà Nội tiếp đón HAGL trên sân Hàng Đẫy.