Quy định App Store Review chỉ ra "các ứng dụng tạo từ mẫu được thương mại hóa hoặc dịch vụ tạo app sẽ bị từ chối". Việc nhắc đến các ứng dụng mẫu được lưu ý đặc biệt vì chúng ngày càng phổ biến trên App Store. Chẳng hạn, có hàng nghìn bản sao "Flappy Bird" trên chợ được tạo ra chỉ bằng một cú nhấp chuột từ bản mẫu.
Có nhiều ứng dụng nghe nhạc trực tuyến dẫn đến nội dung vi phạm bản quyền. Rất khó để theo dõi và ứng dụng rác có thể nhanh chóng kiếm doanh thu trước khi bị xóa bỏ.
Nỗ lực thanh lọc App Store của Apple dẫn đến việc hàng trăm nghìn ứng dụng bị gỡ gồm ứng dụng nhái, spam, không được tải về trong nhiều năm và không tương thích với 64-bit.
Apple lần đầu thông báo kế hoạch xóa ứng dụng có vấn đề và bị bỏ rơi vào tháng 10/2016. Khi đó, công ty ra tay với gần 50.000 ứng dụng. "Quả táo" tiếp tục càn quét App Store và tìm ra mục tiêu cụ thể ngay trước khi công bố thiết kế App Store hoàn toàn mới vào nửa sau năm 2017.